Пошуку історії походження коронавірусу SARS-CoV-2, який став причиною майже 4 млн смертей у світі, значною мірою заважала неможливість отримати доступ до інформації з Китаю, де були зареєстровані перші випадки COVID-19.
Як повідомляє Карл Зіммер для The New York Times, недавно досліднику Джессі Блуму з Медичного інституту Говарда Хьюза, Сіетл, вдалося знайти видалені з Google Cloud файли, які містять 13 часткових генетичних послідовностей, що належать до найраніших випадків COVID-19 в Уханю.
Це не є доказом жодної з багатьох теорій про виникнення SARS-CoV-2, включаючи витік вірусу з лабораторії в Уханю. Однак це підтвердження того, що коронавірус циркулював ще до того, як стався спалах на ринку Хуанань.
Пошук вірусу-попередника
Для точного визначення походження SARS-CoV-2 вченим необхідно знайти вірус-попередник, який згодом неодноразово мутував. До цього часу найдавніші зразки були взяті переважно з випадків на ринку морепродуктів, оскільки передбачалося, що цей вид коронавірусу вперше з'явився саме там у кінці грудня 2019 року.
Однак більш ранні випадки захворювання не мають зв'язку з ринком, що на досить ранній стадії пандемії вказує на те, що SARS-CoV-2 з'явився в іншому місці. З цими першими генетичними послідовностями була одна дивина. Виявлені на ринку випадки включають три мутації, яких у зразках вірусів, виявлених тижнями пізніше за межами ринку, немає.
Зразки, в яких немає цих мутацій, більш точно відповідали виявленому у підковоподібних кажанів коронавірусу. Вчені мають відносну впевненість у тому, що SARS-CoV-2 якимось чином виник від кажанів. Тому логічним є припущення, що у прабатька також цих мутацій не було.
Відкриття Джессі Блума
Джессі Блум передбачає, що знайдені ним послідовності, ймовірно, належать до найбільш ранніх зразків, оскільки вони не мають виявлених в Хуанань мутацій. Ці нові дані можуть свідчити про те, що вірус циркулював задовго до того, як він з'явився на ринку морепродуктів.
У своїй статті, завантаженої 22 червня до бази даних препринтів bioRxiv, Блум написав, що "цей факт припускає, що послідовності з ринку, які знаходяться у центрі уваги геномної епідеміології у спільному звіті ВООЗ та Китаю ... не репрезентативні для вірусів, які циркулювали в Уханю у кінці грудня 2019 року і початку січня 2020 року".
За словами Зіммера, приблизно рік тому з онлайн-бази даних Sequence Read Archive пропала 241 генетична послідовність від пацієнтів з коронавірусом. Блум виявив це, коли побачив електронну таблицю у дослідженні, опублікованому у травні 2020 року в журналі PeerJ. У цій роботі була перерахована 241 генетична послідовність SARS-CoV-2 за період до кінця березня 2020 року. Опублікована робота була частиною проєкту Уханьского університету PRJNA612766, який був завантажений в архів читання послідовностей. При пошуку в базі даних архіву, який проводив Блум, повідомлялося, що елементи не знайдені.
Блум визначив, що віддалені дані були зібрані лікарнею Айсу Фу і Женьмінь Уханьского університету. Також можна припустити, що ці послідовності належать до періоду початку пандемії та взяті з тестів амбулаторних хворих з підозрою на COVID-19.
Блум зазначає кілька обмежень свого дослідження. В першу чергу послідовності є лише частковими і не містять інформації, що дозволяє вказати точну дату або місце збору. Ці дані мають вирішальне значення для відстеження вірусу до його походження.
Проте Блум вважає, що більш глибоке вивчення архівних даних від NIH та інших організацій і об'єднання послідовностей воєдино може допомогти намалювати чіткішу картину як походження, так і раннього поширення SARS-CoV-2, і все це без необхідності проведення дослідження безпосередньо у Китаї.
Не набридаємо! Тільки найважливіше - підписуйся на наш Telegram-канал
Джерело: obozrevatel.com
